Пока армия Машин пытается уничтожить Зион, его жители из последних сил держат оборону. Но удастся ли им предотвратить полное вторжение в город кишащей орды беспощадных машин до того, как Нео соберет все свои силы и положит конец войне?

Во второй части трилогии, борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают вести восстание людей против Армии Машин. Для уничтожения системы репрессий и эксплуатации они вынуждены прибегнуть не только к арсеналу превосходного оружия, но и к своим экстраординарным навыкам. Участие в миссии по спасению человеческой расы от её полного исчезновения приносит им более глубокое понимание конструкции Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества. Не обойдётся в фильме и без Агента Смитта, который предстанет перед нами в усовершенствованной версии.

Земля уверенно движется навстречу глобальной экологической катастрофе: в одной части света все живое погибает от засухи, в другой - разбушевавшаяся водная стихия сносит города. Близость катастрофы вынуждает ученого-климатолога, пытающегося найти способ остановить глобальное потепление, отправиться на поиски пропавшего сына в Нью-Йорк, в котором наступил новый ледниковый период.

Молодой Масьюз видет смерть своего отца, самого великого воина его народа. Всем известно кто убил его. Годы проходят и Масьюз станоовится воином Черным Скорпионом , гтовым служить своему царю, человеку что убил его отца. Как его остановить , если царь - владеет черной магией и поддержкой Богиней Смерти.

Банда грабителей под руководством Чарли Крокера во всю прыть несется на Мини Куперах по улицам Лос-Анджелеса и даже заныривает в подземку. Банда стремится увезти в безопасное место добычу - сейф, набитый золотом.

В Лос-Анджелесе с его чудовищными пробками просто так не поездишь, поэтому банда предварительно позаботилась о «зеленой улице» для себя: на всех светофорах по пути их следования горит только зеленый свет. Для остальных, соответственно, горит красный, что провоцирует грандиознейшую в истории Лос-Анджелеса дорожную пробку.